Un cercetător susţine că a recuperat secvenţe genetice timpurii de virus, şterse dintr-o bază de date, care ar oferi indicii despre originea pandemiei

FOTO Shutterstock

Un cercetător din Seattle susţine că a recuperat 13 secvenţe genetice timpurii ale noului coronavirus din cele peste 200 care fuseseră încărcate şi apoi retrase  de cercetători chinezi dintr-o bază de date internaţională, relatează New York Times. Aceste date timpurii ar putea conţine informaţii importante despre cum şi când s-a transmis virusul de la un animal gazdă la om.

Jesse Bloom, virusolog la Centrul Fred Hutchinson de Cercetare a Cancerului, a publicat o nouă analiză a structurii genetice a noului coronavirus marţi, după ce a recuperat 13 fişiere cu secvenţele timpurii din Google Cloud. Lucrarea sa nu a fost revizuită ştiinţific.

„Pare probabil că secvenţele au fost şterse pentru a le masca existenţa”, spune acesta, care face parte din grupul de oameni de ştiinţă care a cerut examinarea aprofundată a originilor pandemiei.

Bloom trecea în revistă datele genetice publicate de diferite grupuri de cercetători când a descoperit un studiu din martie 2020 care conţinea un fişier cu informaţii despre 241 de secvenţe genetice strânse de oamenii de ştiinţă de la Universitatea din Wuhan. Documentul arăta că fusese încărcat în baza de date internaţională Sequence Read Archive administrată de Biblioteca Naţională de Medicină din SUA. Totuşi, când cercetătorul a căutat luna asta secvenţele în această bază de date, nu le-a mai găsit.

Examinând din nou fişierul, a descoperit că cele 241 de secvenţe genetice fuseseră adunate de cercetătorul Aisi Fu de la spitalul Renmin din Wuhan. O căutare online l-a dus la un studiu urcat online în martie 2020 de Fu şi colegii săi în care era prezentat un nou test experimental pentru SARS-CoV-2. Concluziile echipei de cercetători chinezi au fost în cele din urmă publicate într-un jurnal ştiinţific trei luni mai târziu.

În cadrul acelui studiu, au fost analizate 45 de probe prelevate de la „pacienţi ambulatori suspecţi de boală COVID-19” la începutul pandemiei. Cercetătorii chinezi nu au publicat secvenţele genetice complete ale virusului prezent în aceste mostre, ci doar unele mutaţii.

Bloom a dedus pe baza mai multora indicii că aceste mostre au fost sursa celor 241 de secvenţe genetice care au dispărut din baza de date americană.

Răsfoind arhiva americană, virusologul a descoperit că multe dintre secvenţe fuseseră stocate ca fişiere în Google Cloud, iar numele date fişierelor aveau acelaşi format. Când a introdus codul unei secvenţe dispărute a putut să o recupereze din Cloud.

Cu aceste 13 secvenţe şi altele publicate devreme în pandemie, Bloom  a sperat să reconstituie arborele genealogic al  SARS-CoV-2.

Reconstrucţia etapelor de evoluţie a virusului şi cum a sărit de la o gazdă animală la om le-a pus probleme cercetătorilor tocmai din cauza numărului limitat de probe de la primii pacienţi. Unele din cele mai timpurii probe au fost prelevate de la pacienţii din focarul izbucnit la piaţa de fructe de mare din Wuhan, în decembrie 2019. Doar că acele probe conţin trei mutaţii suplimentare care nu mai sunt prezente la mostrele colectate câteva săptămânii mai târziu.

Aceste variante mai târzii de virus sunt mai similare genetic cu coronavirusurile de la lilieci, sprijinind ipoteza că există o linie genetică timpurie care nu a trecut prin piaţa din Wuhan.

Bloom a descoperit că cele 13 secvenţe recuperate aveau de asemenea lipsă cele trei mutaţii suplimentare.

 „Sunt cu trei paşi mai aproape de coronavirusurile de lilieci decât cele prelevate de la piaţa de peşte din Huanan”, a spus el, ceea ce arată că virusul circula la Wuhan sau în altă parte înainte să fie detectat la piaţă, astfel încât variantele din piaţă ar putea să nu fie reprezentative pentru o varietate iniţială mai mare a virusului.

„Poate că tabloul nostru despre ce a existat timpuriu la Wuhan pe baza secvenţierilor efectuate este puţin deformat”, a spus el admiţând că concluziile sale au nevoie să fie confirmate de analize mai amănunţite a secvenţelor virusului.

Michael Worobey, biolog în domeniul evoluţiei la Universitatea din Arizona, care nu a fost implicat în studiu, a spus că lucrează împreună cu echipa sa la un studiu pe scară mare a structurii genetice a virusului SARS-CoV-2 în speranţa că vor putea afla mai multe despre originea virusului.

„Datele genetice suplimentare vor juca un rol important în eforturile noastre”, a spus el.

Nu este clar cum au dispărut secvenţele din arhiva Sequence Read, dar cercetătorii pot solicita ştergerea datelor printr-o cerere către administratori. Biblioteca Naţională De Medicină din SUA care administrează arhiva a declarat că cele 13 secvenţe au fost eliminate vara trecută.

„Aceste secvenţe ale SARS-CoV-2 au fost transmise în martie 2020 şi cercetătorul principal care le-a încărcat a solicitat retragerea lor în iunie 2020”, a spus purtătoarea de cuvânt a Institutelor Naţionale de Sănătate din SUA.

Explicaţia dată de autorul principal pe care nu l-a numit a fost că secvenţele urmau să fie  actualizate şi adăugate unei alte baze de date.

„Evident, nu pot exclude că acestea se află în alte baze de date sau pe alte site-uri, dar eu nu le am putut găsi pe platformele comune”, a spus el.

„Nu înţeleg cum asta indică o muşamalizare”,  a comentat Stephen Goldstein, virusolog la Universitatea din Utah, notând faptul că studiul a enumerat mutaţiile găsite de cercetătorii de la Wuhan în probele lor. Informaţiile fundamentale au fost în spaţiul public mai bine de un an şi e posibil să fie urcate într-un formiat dificil de găsit, a remarcat el.